年齢：40代
職業：会社員
世帯年収：400万円～600万円未満
ペンネーム：なな

国土交通省の「建築着工統計調査　住宅着工統計　2019年度」によると、東京都の貸家・共同住宅の1㎡辺り工事費予定額は構造別に、木造で20万円、鉄筋鉄骨コンクリート造で35万円、鉄筋コンクリート造で32万円などとなっています。
統計データでは、部屋数が多い物件なども含まれます。部屋数が多い物件の方が建築効率が良いため、1戸あたりや1㎡あたりの単価は低くなります。今回のケースだと目安の金額よりコストがかかることを想定しておく方がよさそうです。実際の建物に求める仕様や、建築会社によっても費用は大きく変わる可能性があります。

1坪は約3.3㎡です。
仮に40坪の土地に、延べ床面積60坪程度の建物を建てる場合、建物面積を㎡に直すと198㎡。先ほどの国土交通省の単価を掛け合わせると木造で3,960万円、鉄筋鉄骨コンクリート造で6,930万円、鉄筋コンクリート造で6,336万円などが目安となります。
何階建ての建物になるかは、その土地の何割まで建物に充ててもよいかという「建ぺい率」や、土地の何倍までの延べ床になってもよいかという「容積率」の影響を受けて決まります。

叔母さまだけでなく、建築費を出す方も同じ建物の最上階に暮らすとなると一般的な賃貸住宅より、丈夫な構造の建物を希望されるかもしれず、コストも抑えづらいかもしれません。
複数社の建築会社に見積もりをとり、構造の希望や予算が納得できる会社を見つけられると良いですね。

借地権を売却した金額で都営住宅で暮らせる年数などと照らし合わせてご検討いただけたらと思います。